「甲子」同治三年，公五十四岁。
正月，公在安庆。初六日，贼由宁国县上窜，陷绩溪县。初九日，唐义训引军收复绩溪，追贼于歙县南境破之。贼窜遂安、开化之境，势趋江西。
十二日，奏规复淮南盐务一摺。奏称江路肃清，运道畅行无阻，所有楚西各岸，力图整理，而筹办之难有二大端：一则邻私浸灌太久，积重难返，不能骤禁；一则厘卡设立太多，诸军仰食，不能概裁。按今日时势，仿昔年成法，惟有疏销轻本，保价杜私四者，实力讲求行之，以渐期于课饷，两有裨益。附片奏报近日军情：金陵城贼为负隅死守之谋，其一股由宁国窜绩溪，意在冲过徽州，直上江西。又摺奏讯结贪鄙营私之将弁张禄等，请革职永不叙用。时苏浙田荒未耕已久，官军攻剿，收复大半，贼饥无所得食，乃突窜徽、浙之交，就食于江西。
十七日，贼大股续窜绩溪，与遂安股匪分扰婺源、玉山，遂窜广丰、铅山一带，广饶抚建皆为戒严。二十一日，公弟国荃攻克钟山石垒伪号天保城，遂调派各军，分扼太平门、神策门，城围乃合。
二十七日，驰摺奏贼陷绩溪，旋经收复。毛有铭一军由安庆渡江，计可抵徽。沈葆桢所派席宝田、韩进春两军亦可到防。饬各军扼要防堵，力保江西藩篱。附片奏江宁藩司万启琛应赴江北督办粮台，安徽臬司英翰驻蒙、宿一带襄办剿捻，请催马新贻赴藩司任，委何璟署臬司一缺。附片奏陈李世忠近日情形，已交出五河县城，撤遣所部弁勇，发给饷盐，资以回籍，不至再有滋扰。
又片奏江楚米价翔贵，本届湖南漕米，请仍解折色到部，就近采办，以归简易。二十八日，专奏恭谢年终恩赏一摺，年终密考一摺，学政声名一片。是月，李公鸿章克宜兴县城，左公宗棠克桐乡县城。都兴阿公奉旨移防绥远城，诏公拣派得力之员接统其军。河南发、捻股匪窜扰湖北之境。
二月初三日，核定江宁七属扬州、仪征等处盐务章程。初九日，席宝田收复金溪县城。
十二日，驰摺奏金陵官军攻克钟山伪城，遂合城围，贼之外援将绝，粮米无多，唯是围师不满五万，分布九十馀里，而贼众数十万，深有穷寇奔突之虞。附片奏浙境股匪觅食偷生，锐意上窜，绝不返顾，势将蔓延江西腹地，窥伺抚、建两郡。溧阳老巢新为苏军所破，其党归并湖州。目下湖州贼数极多，若窜江西，毫无阻隔，防兵单薄，势实可虞。又片奏：臣所部各军，添募益多，将材益少，类皆朴谨自守之员，实乏统率一路之选。其都兴阿所部一军，请特简大员接统。其水师红单船等，即由臣兼辖，酌量裁撤，以节糜费。
十五日，乔公松年至安庆见公，接授巡抚关防，出防临淮。贼退出广德州城，并入湖州。鲍公超进军攻句容。江西之贼窜扰抚、建各属邑。十八日，席宝田破贼于建昌城外。十九日，李世忠委其部将王廷瑞、陈自明二员，到安庆禀请交出各城，遣散所部，以三月为期。公奖慰而遣之。
二十七日，具摺奏筹议江苏、安徽等省绿营额兵，经乱之后散亡殆尽。已溃之卒不准收伍，孱弱之兵即予裁撤，弁目出缺，停缓叙补，统俟军事大定，乃复旧制。庶几兵归实用，饷不虚糜。又摺奏湖北防务正殷，提督江长贵请饬赴本任。附片奏：金陵城贼放出老弱妇女万馀人，为节省米粮之计；湖州群匪集，皆思上犯江西，以觅生路；江西抚、建股匪人数实众。请饬下闽、粤、两湖一体严防，免致变成流寇，又烦兵力。江忠义旧部，交江忠朝统带。又片遵旨提讯江西知县石昌猷一案，派委刑部郎中孙尚绂会审。又片奏保道员忠廉署理两淮盐运使，堪以胜任。又片奏李世忠呈请刻期遣散滁州等处兵勇，酌留千馀人，交总兵陈自明统带。又与沈公葆桢会奏查参江西厘金委员万永熙革职。
是月，李公鸿章分军克溧阳县城，又克浙江嘉兴府城。程忠烈公学启受伤，旋卒于苏州。程公初陷贼中，投诚后，经公弟国荃拔擢立功，苏省之复，战功为多。左公宗棠攻克杭州省城，馀杭县城贼并入湖州，踞守不下。都兴阿公领马队北上。富明阿公署江宁将军，接办扬州防务，派军渡江，会冯子材之军进攻丹阳。
三月初五日，鲍公超攻破三坌贼卡。初七日，克句容县城。初九日，克宝堰贼垒五座。周宽世军中营官杨复成侵吞军饷。公亲提讯得实，于军前斩之。江西贼势日众，沈公葆桢奏请截留江西厘金，专充本省之饷，户部议准。公接户部咨文，深忧之。
十二日，驰摺奏：江西牙厘，仍应归臣处经收，以竟金陵将蒇之功。附片奏报军情：金陵城贼坚忍不下，句容克复，贼之外援将尽；江西之贼，扰犯南丰、新城、广昌之境。又摺奏结水师巡江酿命一案。又奏采访忠义第十八案。
十三日，浙江之贼，续窜徽州，唐义训、毛有铭击贼小挫。十四日，贼扑徽州城，官军击却之。
十五日，奉到上谕：“协办大学士两江总督曾国藩督军剿贼，节制东南数省，尽心区画，地方以次削平，举贤任能，克资群力，著交部从优议叙。”钦此。是岁京察行省督抚奉优叙之旨者，曰官文公，曰骆公秉章，曰左公宗棠，曰李公鸿章。凡五人。
十七日，唐义训、毛有铭两军击贼于杨村，官军大挫。贼势日炽，大股窜婺源，入江西境。公调朱品隆军驰援徽州，调鲍超军回东坝，调周宽世、金国琛两军渡江进驻饶州之境。二十日，鲍公超收复金坛县城。
公既上江西牙厘一疏，词气抗厉，于是沈公葆桢亦奏请开缺，诏慰留之。户部议以江西牙厘之半拨归金陵皖南大营，以其半留供本省之饷。公以是时金陵未克，江西流寇复盛，统军甚多，需饷甚巨，既恐饷匮以致军事决裂，又以握兵符掌利权为时所忌，遂有功遂身退之志矣。
二十五日，驰摺奏鲍超一军，克句容县，生擒二酋，毁五贼垒。随摺奏保总兵冯标、谭胜达、唐仁廉等二十员，阵亡知府田芬、参将阳茂泰等六员请恤。附片奏徽州军败，遍地贼氛，前队已窜江西，续至者络绎不绝。金陵围师，责成曾国荃经理，傥坚城幸克，即由曾国荃、彭玉麟、杨岳斌三衔驰奏大概，以慰圣怀。陕西汉中发、捻各匪窜犯鄂豫之境，图解金陵之围。江面上下，皆宜筹防。又片奏身患呕吐眩晕之症，请假一月，在营调理。又片奏降补藩司唐训方请假回籍省墓。又片奏浙江盐运使李榕暂缓赴任，留营剿贼。又奏杨复成正法一摺。
二十七日，专摺奏谢京察优叙恩。是日奉到寄谕：总理衙门奏拨轮船经费改解京师一款，为银五十万两有奇，先行拨解金陵军营，以资散放。二十八日，核定淮北票盐章程。是月，左公宗棠克武康、德清、石门三县城。江西官军克新城县城，贼窜入福建边境。陕西发逆合捻匪窜湖北。成大吉击贼于樊城，破之。贼窜河南境。西安将军忠勇公多隆阿卒于盩厔营次。
四月初三日，设立书局，定刊书章程。江南、浙江自宋以来，为文学之邦，士绅家多藏书，其镂板甚精致，经兵燹后，书籍荡然。公招徕剞劂之工，在安庆设局，以次刊刻经史各种，延请绩学之士汪士铎、莫友芝、刘毓松、张文虎等分任校勘。初九日，彭公玉麟过安庆见公。旋赴九江防守。
十二日，驰奏徽州防军挫失，未能遏贼西窜，自请交部严加议处，唐议训、毛有铭分别革降，阵亡将弁金茂荣、李祖祥等十三员名请恤。又摺奏鲍超一军克复金坛。随摺奏保游击张遇春一员，出亡将弁鲍昌龄、宋连升、王正礼请恤。又摺奏江北一律肃清，提督李世忠遣散部众，次第交出全椒、天长、来安、滁州、六合五城，呈请开缺，回籍葬亲，恳恩准予开缺回籍，保全令名。所遗江南提督一缺，恳迅赐简放，以重职守。附片奏：接准户部文称湖北、湖南、四川、江西、广东、江苏每月协供臣营之饷，为数甚钜。查核湖南一省，除东征局半厘外，无有奏守协解之款。去夏奏拨江西洋税，旋即退还广东厘金，系臣所最抱疚之端，然本年仅解过九万两。江苏厘金，系臣职分应筹之饷，本年亦仅解过三万两。四川、湖北两省，则并无协解臣台之款。户部所指六省供饷，不知以何处奏咨为据，遂疑臣广揽利权，收支巨款。臣以庸愚，谬当重任，局势过大，头绪太多，论兵则已成强弩之末，论饷则久为无米之炊，万一竭蹶颠覆，亦何能当此重咎？恳恩饬将皖北军饷，责成乔松年、吴棠、富明阿共筹之，其萧庆衍、毛有铭等数军原支鄂饷，请饬下官文、严树森一力供支，俾臣得少减谋饷忧灼之情，不胜大幸。又片奏报军情：金陵一军，开地道以攻城，伤亡弁勇近三千人，此时惟有严围猛攻，力禁接济之法；江西续窜入之贼，又将延扰腹地；发捻巨股，突过随、枣，意在假道皖鄂，东援金陵。彭玉麟现赴上游，防扼江面，惟皖北兵单，空虚可虑。又片奏江西南康知县石昌猷供词支吾，请革职以凭严讯。
十四日，丹阳之贼上窜。鲍公超截击，大破之。常州之贼窜至徽州境，唐义训、毛有铭、金国琛截击破之，馀匪窜江西。
十九日，奉上谕：“曾国藩奏徽军挫失，自请严议之处，著加恩宽免。”钦此。又奉上谕：“江南提督，著李朝斌补授。江南水师提督，著黄翼升补授。江南淮扬镇总兵员缺，著阳利见补授。”钦此。
二十七日，驰摺奏报鲍超截击丹阳之贼大胜。又奏苏贼续窜徽州，官军击剿获胜，擒斩解散过其大半。附片奏称：苏浙群贼由徽上窜者，约分六起：第一起现踞江西之南丰，分窜福建汀州之境；第二起延于铅山、湖坊等处；第三起攻扑抚州，退据许湾；第四起则为徽军所败，入江境者人数无多，而广德、湖州各贼酋尚有二起，图犯徽境，并入江西。目下军情，以江西为最重。又摺奏请展缓江南本科乡试。附片奏陈：臣于上月请假，现已期满，病势未能遽痊。惟湖北贼势下窜，金陵围师，江西群贼，均在危疑震撼之际，已力疾强起，照常治事。
是月，江西赣水以东，广信、抚州、建昌、宁都各属，贼踪遍扰，失陷十数城。江西官军、浙江援军破贼于玉山，又破之于抚州城外，又破之于弋阳、贵溪等处，而贼势未衰。张公运兰军在广东，奉旨饬赴福建臬司任，率勇至闽境防剿。李公鸿章克常州府城，杨州、镇江官军会克丹阳县城。江苏全境毕平，唯金陵未克。李公鸿章拨派刘铭传等军进守句容、东坝。公乃调鲍超一军循江而上，援剿江西。杨公岳斌奉旨督办皖南、江西军务，刘公典帮办军务。李朝斌领太湖水师攻湖州城外贼垒，破之。李公鸿章委员解到上海饷银二十二万两。公以其十三万两解付金陵大营，以五万两给付鲍超军营，以四万两留安庆粮台。贼之窜湖北者，人数极众，护军统领贞恪公舒保阵亡。僧王击贼于随州，破之。逆首洪秀全于二十七日服毒自毙，李秀成立其子福瑱坚守金陵，秘不发丧，虽城中贼亦不知也。
五月初六日，专摺恭谢天恩宽免严议。鲍公超军由芜湖拔营，上援江西。杨公岳斌领水师陆军共万人，援江西。初十日，来安庆见公。旋赴江西督剿。公派提督黄翼升接领水军，扼攻金陵。
十二日，驰摺奏：“浙江提督鲍超请假四个月，回四川籍葬亲，该军将弁，即令杨岳斌统率以行，必可指挥如意。恳恩俯念鲍超苦战功多，俾得成归窆之礼，展乌私之谊，弥彰圣朝孝治之隆。附片奏报军情：湖州、广德尚为贼踞；江西省城戒严，调派水陆各军入省防守；鄂省发、捻下窜，距皖甚近，调李榕等军渡江北防。疏入。奉上谕曾国藩奏带兵大员请假葬亲一摺，乃明降谕旨，命鲍超俟金陵攻克、江皖肃清，再行给假回籍，以遂孝思等因。”钦此。
十四日，奉到寄谕令李鸿章会军攻金陵。公即日具咨李公催之。
十七日，鲍公超军至九江，寻至南昌，与沈公葆桢商度防剿，所部一军由瑞州进剿。
二十二日，驰摺奏称：苏、常既克，本拟咨请李鸿章亲来金陵会剿。前接李鸿章来文，言将士太劳，宜少休息，待湖州克后，再行拨兵助攻金陵等语。不知者，谓臣弟国荃贪独得之美名，忌同列之分功，非臣兄弟区区报国之意。今幸钦奉寄谕，已恭录具咨加函催请。臣本欲前往金陵督剿，因皖中防剿吃紧，未可暂离，恳恩饬催李鸿章速赴金陵，实为至幸。
二十七日，驰摺奏：续奉谕旨，飞催李鸿章会剿金陵。前此奉拨轮船经费一项，已解到银二十万两，分拨各军，转瞬已罄。不敢谓筹饷之太少，而深悔募勇之太多，惴惴焉恐生他变，或误大局。既望李鸿章统兵来助，尤望其携饷以相遗也。并奏称：杨岳斌、鲍超均赴江西，兵力极厚；改调周宽世一军，令赴皖北，以防鄂省东窜之贼；拟令陈国瑞驻扎寿州，处淮南江北适中之地，为游击之师，仍当防守要区，严扼江面，以免掣动金陵全局。附片奏：臣于前年曾请添设长江水师提提督，旋经部臣议准。此次钦奉谕旨，李朝斌补授江南提督，自系李世忠所遗之缺；黄翼升所补水师提督，当系长江新设之缺。应请敕部撰拟字样，新铸印信，颁发来南，以昭信守。又具摺奏保鲍超一军迭克东坝、句容、金坛三案出力员弁，汇单请奖。又奏保高淳、溧水各城水陆会攻克复出力员弁，汇单请奖。
二十八日，核定石昌猷案卷。江西道员周汝筠禀讦石昌猷袒匪杀良一案，卷宗繁委，公亲讯数次，委藩司马新贻、臬司何璟、道员勒方琦与奏委之郎中孙尚绂反复研鞫。至是定案拟结。
三十日，公弟国荃攻克龙膊子山阴坚垒伪号地堡城，遂督军日夜环攻，不少休息。是月，李公鸿章克浙江长兴县城。湖北捻匪窜扰英山、霍山之境。杨公岳斌奉旨授陕甘总督。
六月初八日，复讯周汝筠、石昌猷一案。十二日，驰摺奏称：旬日以来历奉寄谕，殷殷指示，不外迅剿金陵及皖北、江西两路军务。所有近日筹办情形，分条详复：其一，李鸿章平日任事最勇，进兵最速，此次会攻金陵，稍涉迟滞，盖无避嫌之意，殆有让功之心；其一，中外匪徒，仍有偷济贼粮军火之事，自合围以来，搜查防范，何敢信其绝无疏漏？唯当谆饬各营，加意严防而已；其一，发、捻东趋，窜入英山境内，调派江南岸各军驰赴皖北，目下不能速到；其一，安庆人心震动，未可轻离，俟皖北稍安，即当前赴金陵，会商剿办。凡四条。
十六日，金陵官军治地道成，轰陷城垣二十馀丈。公弟国荃督领将弁冲杀入城，围攻伪宫城。即日由驿八百里驰报金陵克复大概情形。是夜攻克内城，搜杀三日夜。十九日，擒贼酋李秀成、洪仁达。贼党死者十馀万人。公闻捷后，喜极而悲者，良久乃已。
二十三日，会衔由驿六百里加紧驰奏克复金陵全股悍贼尽数歼灭详细情形一摺。奏称：金陵一军，围攻二载有奇，前后死于疾疫者万馀人，死于战阵者八、九千人，令人悲涕，不堪回首。臣等忝窃兵符，遭逢际会，既恸我文宗不及目睹献
二十四日，公由安庆登舟，由火轮船驶赴下游，泊采石矶。二十五日，抵金陵大营，见诸将领慰劳之，亲讯贼酋李秀成，札委员弁访求咸丰三年城陷时殉难员绅遗骨。
二十六日，奉到上谕：“杨岳斌、彭玉麟、曾国荃驰奏克复金陵大概情形一摺。逆首洪秀全等以数十万逆众久踞金陵，负隅死守。曾国荃等督兵围攻，所部不满五万，两载以来，将城外贼垒悉数扫荡。兹复于炎风烈日之中，伤亡枕藉之馀，并力猛攻，克拔坚城，非曾国藩调度有方，曾国荃及各将士踊跃用命，不能建此奇勋。披览之馀，曷胜欣慰。此次立功诸臣，将伪城攻破，巨憝就擒，即行渥沛恩施，同膺懋赏。”钦此。
二十七日，公巡视金陵城垣地道攻入之处，按行城外各军营垒。二十八日，军士将洪秀全逆尸舁之江干，公亲验而焚之。
二十九日，奉上谕“本日官文、曾国藩由六百里加紧红旗奏捷克复江宁省城一摺，览奏之馀，实与天下臣民同深嘉悦。此次洪逆倡乱粤西，于今十有五年，窃据江宁亦十二年，蹂躏十数省，沦陷数百城，卒能次第荡平，殄除元恶，该领兵大臣等栉风沐雨，艰苦备尝，允宜特沛殊恩，用酬劳勋。钦差大臣协办大学士两江总督曾国藩，自咸丰三年在湖南首倡团练，创立舟师，与塔齐布、罗泽南等屡建殊功，保全湖南郡县，克复武汉等城，肃清江西全境。东征以来，由宿松克潜山、太湖，进驻祁门，迭复徽州郡县，遂拔安庆省城，以为根本，分檄水陆将士规复下游州郡。兹幸大功告蒇，逆首诛锄，实由该大臣筹策无遗，谋勇兼备，知人善任，调度得宜。曾国藩着加恩赏加太子太保衔，锡封一等侯爵，世袭罔替，并赏戴双眼花翎。浙江巡抚曾国荃以诸生从戎，随同曾国藩剿贼数省，功绩颇著。咸丰十年，由湘募勇，克复安庆省城；同治元、二年，连克巢县、含山、和州等处，率水陆各营进逼金陵，驻扎雨花台，攻拔伪城，贼众围营，苦守数月，奋力击退；本年正月，克钟山石垒，遂合江宁之围，督率将士鏖战，开挖地道，躬冒矢石，半月之久，未经撤队。克复全城，殄除首恶，实属坚忍耐劳，公忠体国。曾国荃著赏加太子少保衔，锡封一等伯爵，并赏戴双眼花翎等因。”钦此。其同案奉旨锡封者：提督李臣典一等子爵，萧孚泗一等男爵，均赏戴双眼花翎；提督黄翼升、张诗日等，总兵朱洪章、熊登武等，按察使刘连捷等，凡百二十馀员，均奉旨奖叙。其阵亡总兵郭鹏程、王绍羲、副将陈万胜等十六员，奉旨优恤。皆公前疏所请也。同日又奉上谕：“粤逆久踞江宁，负隅抗拒，实为从来未有之悍寇。此次水陆各军于溽暑炎蒸之际，猛力环攻，迅克坚城，悍党悉除，渠魁就缚，非曾国藩运筹决策督率有方，曾国荃等躬冒矢石鼓勇先登，末由建此奇功，成乃丕绩。朝廷嘉悦之怀，实难尽述。除曾国藩等已加恩锡封外，其出力员弁兵勇，并著查明保奏，候旨施恩。发去银牌四百面，著曾国藩、曾国荃等择其功绩最著者，先行颁给，以励戎行。”钦此。同日又奉旨赏赍东南各路统兵大帅及封疆大臣，普加异数。钦差大臣僧王、官文公、李公鸿章、杨公岳斌、彭公玉麟、骆公秉章、鲍公超等各有差。左公宗棠、沈公葆桢等也有待也。是月，左公宗棠克孝丰县城。萧公孚泗闻讣丁忧。
七月初一日，阅视金陵城北伪城伪垒及官军所开地道之处，派委员庞际云、知府李鸿裔，会讯李秀成，令其自书供词，前后凡四万馀字。初二日，李忠壮公臣典卒于军。金陵之克，以李公为战功之首，公弟国荃恸惜之。初四日，周视金陵城垣，委员修筑，定议裁撤湘勇，设善后局，抚恤难民。鲍公超击贼于抚州许湾，大破之，杀贼四万人，贼大溃。初六日，公亲讯贼供，诛李秀成、洪仁达、洪仁发三名。
初七日，驰摺奏：洪秀全、李秀成二贼酋分别处治，伪幼主洪福瑱查无实在下落。李秀成供词，谨抄送军机处，以备查考。历年以来，中外纷传逆贼之富，金银如海，乃克复老巢，而全无货财，实出意计之外。目下筹办善后事宜，需银甚急，为款甚巨，如抚恤灾民，修理城垣，驻防满营，皆善后之大端。其馀百绪繁兴，左支右绌，欣喜之馀，翻增焦灼。金陵之克，贼所造宫殿行馆，皆为官军所毁。公乃于水西门内择房屋稍完者，委员葺治，以为衙署。幼逆洪福瑱遁走广德，贼党争迎之。
初十日，公设酒于城内，宴犒诸将领。十一日，鲍公超收复东乡、金溪两县城。十二日，江忠朝等克复崇仁、宜黄两县城，江西东路贼势稍衰。十三日，公札撤湘勇二万五千人，留万人防守金陵，留万五千人，派委刘连捷、朱洪章、朱南桂等领之，以为皖南北游击之师。咨湖北、湖南督抚筹拨撤勇欠饷。
十六日，专摺奏谢天恩踢封侯爵，并赍所获伪金、玉印三方，咨送军机处。十七日，巡视江南贡院，委员修葺。出示晓谕士民复业，核定金陵房产章程。凡八条。
二十日，驰摺奏福建陆路提督萧孚泗闻讣丁忧，请开缺回籍。又摺奏一等子爵李臣典病故请恤，并将李臣典战功开列清单，录呈御览，请于江西之吉安府及安庆、金陵建立专祠。附片奏李秀成业经正法，未及槛送京师；洪秀全戮尸焚化，未及传首各省。又片奏保金陵各军将领熊登武、朱南桂、张诗日、伍维寿、朱洪章皆有独当一路之才，请次第简放提镇实缺。现守宁国之总兵刘松山，足以独当一面，亦后起之将材也。又片奏：近岁以来，但见增勇，不见裁撤，无论食何省之饷，所吸者皆斯民之脂膏，所损者皆国家之元气。前此贼氛方盛，不得已而增募，以救一时之急。今幸大局粗定，因与臣弟国荃商定，将金陵全军裁撤其半；镇江冯子材之兵，全行裁撤；扬州富明阿一军，暂难遂撤。军兴日久，各有厌苦兵间之意，但使欠饷有著，当不至别生枝节。并陈明曾国荃克城之后困惫病状，姑在金陵调养，料理善后。臣即日回安庆一次，布置上游军事。江西军事得手，即由杨岳斌主稿会奏。公拜摺后，登舟上溯。
二十五日，舟泊铜陵夹。咨广东督抚停止厘金，还归本省经收。札委钱鼎铭、丁日昌等办上海捐输，分拨松沪厘金，以济军饷。鲍公超军克复南丰县，续克新城县，招降数万人。贼党南窜，南、赣、宁都三郡戒严，浸及闽粤之境矣。二十七日，李公鸿章、左公宗棠，会克湖州府城。二十八日，公再抵安庆。
二十九日，驰摺奏广东厘金一款：两年以来，深资馈运，私衷耿耿，如负重疚。请旨饬下广东督抚，截至本年八月止，毋庸再解。并请照一百二十万两之数，加广该省乡试文武永远中额四名，以彰粤人急公之义。附片奏称：湘勇招募之初，选择乡里农民，有业者多，无根者少，但使欠饷有著，当可安静回籍。昨奉谕旨，有挑补额兵一条，恐湖南之民，必不愿补三江绿营之额，臣以为勇则遣回籍，兵则另募土著，各返本而复始，庶经久而可行。至寄谕饬查洪福瑱实在下落，应俟查明续奏。又片奏补送李秀成供词。又片奏报军情：江西兵威大振，无须添派援军；所虑者皖南之广德，皖北之英、霍，现在陈国瑞进剿麻城，英翰进扎商城，蒋凝学进扎英山，李榕调防桐城，布置尚密，但无大支劲旅痛加剿洗耳。是日，具摺奏结周汝筠、石昌猷一案。左公宗棠克安吉县城。浙江全省皆平。李公鸿章派刘铭传一军克复广德州城。贼党挟洪福瑱遁走宁国山中。是月，僧王由豫入楚，击剿发、捻各匪，破之。
八月初一日，湖州、广德之贼窜徽州南境，刘松山截击破之。初三日，左公宗棠截击窜贼于昌化、淳安之境，大破之，斩贼目黄文金。初七日，唐义训、易开俊截击窜贼于歙县南境，破之。初九日，易开俊击贼大破之。
十三日，驰奏钦奉谕旨分条复陈一摺：其一江宁省城贼踞最久，居民流亡尚未复业，委记名臬司黄润昌赶紧兴修贡院，庶冀士子云集，商民亦可渐归。其一驻防旗营，俟贡院工竣，以次修理。旗兵现存八百馀人，俟营房粗定，再议挑补足额。其一苏皖两省疆舆跨越江淮，据御史陈廷经陈请变通画江分省。臣以为军事、吏事之兴废，视疆吏之贤否，不必轻改成宪。其一杨岳斌应赴陕西新任，江西军务，应令鲍超专顾北路，刘典、席宝田、王文瑞、江忠朝等分剿南路，不必另派督办大员。其一皖北吃紧，飞催刘连捷等渡江防剿。凡五条。附片奏委道员庞际云署江宁盐巡道缺，仍饬办善后局。又其摺奏保克复金陵陆军出力员弁，开单请奖，阵亡、伤亡、病故员弁五百一名，开单请恤。附片奏称：臣自任两江督师，东征数年，奏保积至二十二案之多，军务倥偬，未及按名注考。恳敕部将臣军保案，均照原单一体注册。又附片密奏：大功粗立，臣兄弟及前后文武各员均叨窃殊恩异数，追思昔年患难与共之人，其存者，如李元度一员，独抱向隅之感；其没者，如江忠源、何桂珍、刘腾鸿、毕金科四人，皆有私衷抱疚之端，谨略陈一二，恳请恩旨。
十四日，易开俊击窜贼，破之。十六日，唐义训、金国琛击窜贼，破之，馀匪挟洪福瑱窜入江西广信之境。浙江官军追击之。
十七日，专摺进呈安徽全省地图，并《长江图说》，奏称：知府刘翰清、县丞方骏谟淹雅详慎，臣派委该二员细查详绘，装成全册，恭呈御览。
贼围扑英山县，蒋凝学固守击贼破之。刘连捷、朱洪章、朱南桂领湘勇万馀人渡江而北。公调派湘勇由桐城进剿英山，调派李榕、王可升、何绍彩等军八千人，由六安进援霍山。
二十七日，驰摺代奏：臣弟国荃病势日增，请开缺回籍调理。又摺奏湖州、广德败贼并犯歙南，官军截剿屡胜，阵亡参将唐远旵（日出）请恤。附片奏长江水师新定规模，应责成彭玉麟周历巡察，区画一切。其安庆善后事宜，札饬藩司马新贻、臬司何璟、总兵喻吉三会同妥办。又片奏报江西、皖北军情，调军剿办，并报定期起程，驻扎江宁旧治。又奏截停淮北饷盐规复票盐旧制一摺。是月，杨公岳斌赴赣州督师防剿，王文瑞克复雩都县城。
九月初一日，公由安庆登舟启行赴金陵。初八日，舟抵金陵，黄公润昌监修贡院工毕。初九日，公入城阅视贡院工程。初十日，入居署中，核定安徽全省丁漕征收章程。是日奉到上谕：“曾国荃督兵数载，克复江宁省城，伟绩丰功，朝廷甚资倚畀。第栉风沐雨，辛苦备尝，致病势日见增剧。若不俯如所请，不足以示体恤。已明降谕旨，准曾国荃开缺回籍，并发去人参六两，以资调理。该抚其安心静摄，善自保卫，一俟病就痊愈，即行来京陛见，以备倚任。所有江宁善后事宜，即着曾国藩驰往江宁，斟酌机宜，妥筹办理。”钦此。同日奉到上谕：“浙江巡抚，著马新贻补授。英翰著补授安徽布政使。安徽按察使，著何璟补授。”钦此。
十一日，驰摺奏江南贡院修建工竣，已通饬各属，出示晓谕，定于十一月举行乡试。两江人士，闻风鼓舞，流亡旋归，商贾云集，请旨简放考官。附片奏札饬江西藩司赶办江南朱墨卷各一万八千套，定期解赴金陵。又片奏札调藩司万启琛回驻江守，运司忠廉由泰州移驻扬州。湖北发、捻大股围英山城。蒋凝学坚守，贼退。其一股趋太湖。刘连捷等军至太湖，贼均退回湖北蕲水、罗田之境。公札调朱南桂、朱洪章二军驻宿松、太湖，刘连捷一军驻安庆。
二十日，公弟国荃奉旨诣明孝陵致祭。江西、浙江官军会击窜贼于广信府境，大破之。洪福瑱遁走石城。江西东境肃清。二十五日，席宝田军追擒幼逆洪福瑱，送南昌斩之。二十六日，设发审局。
二十七日，驰摺奏报官军驱贼出境，全皖肃清。随摺奏保易开俊、唐义训、刘松山、金国琛四员。又具摺奏续保彭玉麟水军、王可陞陆军青阳、溧水、高淳、东坝各案，出力员弁，开单请奖。又奏续保江忠义、席保田两军青阳案内出力员弁，开单请奖。
是日，又具摺奏称：安徽界连楚北，自楚师入境，迭复郡邑，按亩捐钱，支应兵差，百姓苦之。安庆克后，停止亩捐，改办抵征。现在札饬一律开办丁漕，所有从前收过抵征项下，应专案作正报销。二十八日，札派乡试内外官员。
是月，鲍公超击贼于宁都州城外，大破之，州城解围。贼溃窜闽粤境。江西全省皆平。左公宗棠奉旨锡封一等伯爵，鲍公超一等子爵。杨公岳斌由赣州回南昌省城，奏请回湘增募陆勇赴甘肃剿办。贼之窜广东者，攻扑南雄州；其窜闽者，陷武平县城，张忠毅公运兰死之。贼遂遍扰汀州属境，陷漳州府城而踞之。湖北发、捻大股围扑蕲水官军营盘，石威毅公清吉阵亡。
十月初一日，公弟国荃登舟回湘，公送之至采石矶乃还。初四日，公还署。初五日，专摺奏谢弟国荃开缺恩旨。又奏谢弟国华、贞干各加赏恩。初七日，考试督署书吏。李公鸿章委员解到上海协饷银十七万两，支发江皖各路湘军欠饷。公定议撤遣湘勇，什去八九。
十二日，具摺代奏提督鲍超请假六个月，驰回四川本籍，亲营葬事，兼养伤病，令其部将宋国永、娄云庆分领霆营之众。附片奏金陵遗撤勇丁，先后回籍，沿途安帖。并报皖鄂军情，檄调刘连捷等军赴鄂援剿；调易开俊一军渡江，而北与李榕、王可升等为后路策应之师。又奏采访忠义第十九案。附片奏安庆通判达凌阿在寿州殉难请恤，苏州从九品蒋映杓、训导梅振镳请恤，并其家属十一人。
十三日，奉上谕：“现在江宁已臻底平，军务业经蒇事，即着曾国藩酌带所部，前赴皖鄂交界督兵剿贼，务其迅速前进，勿少延缓。李鸿章前赴江宁，暂署总督篆务。江苏巡抚，著吴棠暂行署理。”钦此。
十七日，李公鸿章到金陵见公。公与商裁退楚军，进用淮勇。檄调刘铭传、李鸿章等引淮军渡江而北，上援皖鄂。
十九日，奉上谕：“曾国藩奏提督鲍超遵奉前旨请假葬亲一摺，已明降谕旨，赏假两月，回籍经理葬事矣。现在甘肃军务未蒇，新疆回匪日益蔓延，非得勇略出群如鲍超者前往剿办，恐难壁垒一新。著曾国藩传旨鲍超，令其俟假期一满，即行由川起程，出关剿办回匪。其旧部兵勇及得力将弁，准其酌量奏调，随带同行。从前回疆用兵，杨遇春即系川省土著，立功边域，彪炳旗常。鲍超务当督率诸军，肃清西陲，威扬万里，以与前贤后先辉映。该提督忠勇性成，接奉此旨，必即遵行，以副朝廷委任。”钦此。
二十二日，奏遵旨驰赴皖鄂交界督兵剿贼一摺。奏称：臣用兵十载，未尝亲临前敌，自揣临阵指挥，非其所长。此次拟仍驻扎安庆、六安等处，派刘连捷等入鄂，听候官文调遣。檄调淮勇两军随臣西上，更资得力。附片沥陈才力竭蹙，难胜重任，楚军出征过久，渐成强弩之末，不如淮勇之方锐。一俟皖鄂肃清，即请开缺，调理病躯，仍当效力行间，料理经手事件。如军饷之报销，撤勇之欠饷，安置降将部众，区画长江水师营汛，皆分内应了之事也。又摺奏请于江宁省城，建立昭忠祠，汇祀湘军阵亡病故将士。附片奏广东、江西厘金全归本省经收，唯留饶州、景德镇厘金之半，拨解祁门粮台，以充皖南五军之饷。
二十五日，作《修治金陵城垣缺口碑记》一篇，立石于龙膊子山下官军攻入之处。二十七日，奏报淮南征收盐课第一案。是月，僧王军击贼，大破之。官文公、乔公松年调派各军，防剿招抚数万人，馀贼窜德安。广东贼陷嘉应州城、大埔县城，与闽省汀、漳之贼延扰凡数百里。左公宗棠移驻衢州，调派刘典等军分道入闽进剿。钦命刘琨典试江南，以平步青副之。
十一月初一日，委员择地修建昭忠祠、靖毅公祠。设工程局委员监督工役，次第修复学宫及群祀祠宇。初三日，交卸总督关防。初五日，奉到上谕：“皖省一律肃清，楚境馀贼由黄、孝窜德安一带，逆数无多，楚军可敷剿办。曾国藩无庸前赴安庆，亦无须交卸督篆，仍驻扎金陵，妥筹调度。李鸿章现在入闱监临，俟出闱后，仍回江苏巡抚本任。”钦此。初六日，诣贡院迎主考官入闱。初八日，得前总督陆公建瀛遗骸，改棺重殓，公出城吊而祭之。初十日，作《家训四条》。十七日，李公鸿章派弁送还总督关防，公接印回任。
十八日，驰摺奏交卸督篆遵旨仍回本任日期。奏称：鄂、豫、皖三省，均捻匪往来熟径，刘连捷等军宜以黄州上巴河为老营，派吴坤修料理营务；刘铭传等军宜以三河尖固始为老营，派李鹤章料理营务。又摺奏续保克复金陵水陆各军随营筹饷各员弁，汇单请奖。又片奏请敕部添铸淮扬镇总兵新印，颁发来营。又片奏国子监典籍钱继文，前在金陵殉难请恤。二十二日，会考江南拨贡、优贡。
十二月初三日，马公新贻过金陵见公。旋赴浙江任。初六日，李公鸿章还苏州。
十三日，奏迭奉谕旨分条复陈一摺：其一，前明孝陵勘估工程，目下无此巨款，应稍缓筹办；其一，李秀成供词，前有删节之处，补钞进呈；其一，张国梁忠骸，访求未得；其一，江北粮台，每月收银不过五万两，酌解甘省及留供皖军之数；其一，池州知府范先谟调省察看。凡五条。附片奏保四品京堂胡大任，请旨简用。又片奏云南迤东道黄冕请开缺。又片奏知府范泰亨、主事柯钺均在营积劳病故，请恤。是日，又奏复御史刘毓楠条陈淮北盐务一摺，附请展缓江南武乡试一片。十五日，乡试揭晓，公入闱钤榜，取士二百七十三名。
二十八日，奏迭奉谕旨分条复陈一摺：其一，剿办捻匪，宜用淮勇，人地相宜，淮军所用火器，须由水路运送河南，以周家口为都会；其一，西路军务，宜先清甘肃，次及关外，楚勇离甘太远，不如川勇较近，宜用川北保宁、龙安两府之人，与甘肃风气不甚相远，臣处饷项奇绌，不能协济鲍军；其一，楚勇必须多撤，金陵守兵，已裁去七千人，朱品隆、唐义训、刘连捷等军应即先撤，庶腾出有用之饷，以济西征之师。凡三条。附片奏陈何桂珍、刘腾鸿、毕金科三员忠绩，请赐谥以表示来兹。是日，又具摺奏请蠲免安徽州县钱粮杂税，并将各州县克复年月、被扰轻重，分别开单呈览。附片奏金坛、溧阳、丹阳、宜兴、荆溪五县被贼蹂躏最甚，请豁免两年钱漕。又片奏递进江南乡试题名录。是冬，捻匪由湖北襄阳窜扰河南之境，僧王督师追击，连获胜仗，而贼势飙忽不可制。福建之贼踞漳州，左公宗棠督师入闽攻剿。